Theo phương pháp luận của thiền ZenOneness, 7 bước từ tiềm thức tới thực thể bao gồm: Niệm khởi – Quy tắc – Năng lượng – Cảm xúc – Diễn hóa – Trao truyền – Detox.
Trong đó, bước Niệm khởi là bước quyết định, giống như một hạt gạo có thể quyết định cây lúa về sau. Hạt gạo có nảy mầm được hay không phụ thuộc thời tiết và các điều kiện bên ngoài. Nhưng chắc chắn hạt gạo sẽ phát triển thành cây lúa chứ không thể thành cây cam. Từ Niệm khởi có thể đoán được toàn bộ tiến trình phát triển về sau. Niệm khởi là nhân cho toàn bộ tiến trình nhân quả. Vì vậy đổi thay Niệm khởi chính là đổi thay toàn bộ tiến trình. Phương pháp thiền của ZenOneness tập trung nhiều nhất vào thay đổi Niệm khởi. Tiếp đó, một Niệm khởi sẽ có các Quy tắc, giống như có rất nhiều loại gạo khác nhau sẽ mang trong mình những mã gen khác nhau. Và thay đổi bằng cách lai tạo, hoặc trực tiếp can thiệp vào gen chính là thay đổi quy tắc của hạt gạo đó. Từ việc Quy tắc khác biệt dẫn tới Năng lượng khác biệt, Cảm xúc khác biệt, Diễn hóa khác biệt, Trao truyền khác biệt… Đối với các liệu pháp tự nhiên, mỗi liệu pháp lại tác động mạnh nhất tại một hoặc hai bước chứ không có liệu pháp nào mạnh tới mức xử lý được toàn bộ quá trình. Cần phải nhấn mạnh rằng bảng so sánh và khớp nối các bước từ tiềm thức ra thực thể này áp dụng không chỉ với các liệu pháp tự nhiên, mà còn với các bộ môn đào tạo kỹ năng khác. Đồng thời, không chỉ áp dụng trị liệu thân, tâm, trí mà còn áp dụng trị liệu các vấn đề liên quan tới xã hội và cuộc sống đời thường. Điều chúng ta cần lưu tâm là ZenOneness với tư tưởng Hợp nhất hoàn toàn không phủ định bất cứ phương pháp nào, ngược lại sẵn sàng kết hợp với các phương pháp khác để tạo ra những liệu trình tốt hơn.
Khi phân tích kỹ, chúng ta thấy rằng các bộ môn trị liệu tự nhiên là sự bổ sung lẫn nhau nên không nên tách ra và chỉ sử dụng một liệu pháp. Đôi khi, trong quá trình tìm cách nâng cao sức khỏe, giống như khi chúng ta uống 9 vị thuốc khác nhau, tới vị thứ 10 thì khỏi bệnh, chúng ta mắc lỗi tư duy là chính vị thứ 10 mới là vị chữa khỏi bệnh mà không kể tới những Nhân duyên tích lũy từ trước đó. Cách nhìn đúng là phải kể cả 10 phương thuốc khác nhau.
Đôi khi, trong quá trình trị liệu, người thầy thuốc trước đó mở ra vấn đề, khiến bạn đau mỏi hơn, bạn nản bỏ đi, rồi tới người thầy thuốc sau nhanh chóng giải quyết vấn đề. Bạn nghĩ rằng người thầy thuốc tới sau mới là người làm tốt, nhưng nếu không có việc xử lý trước đó của người thầy thuốc trước thì người sau cũng sẽ vẫn phải bắt đầu lại từ đầu. Đôi khi, việc gặp được thầy thuốc tốt bắt nguồn từ một nhân xa xôi hơn khi bạn giúp người khác thông tin về một thầy thuốc tốt. Niệm khởi gặp được người thầy giỏi đã bắt đầu từ đó, và đợi tới khi bạn cần gặp người sẽ chữa được cho bạn thì Nhân duyên đó nảy nở, phát triển và hoàn thành. Không có Niệm khởi gặp người thầy thuốc giỏi thì cũng không thể có toàn bộ quá trình phía sau. Chính vì vậy, mà ZenOneness đi vào tập trung thay đổi Niệm khởi thay vì thay đổi các quá trình khác. Đây cũng là một góc nhìn Hợp nhất khi hiểu rằng chính Niệm khởi là sự Hợp nhất của toàn bộ quá trình
